| 【Myxini】 | 
| 綱 | Myxini | メクラウナギ綱 | → | ヌタウナギ綱 | 
| 目・亜目 | Myxiniformes | メクラウナギ目 | → | ヌタウナギ目 | 
| 科・亜科 | Myxinidae | メクラウナギ科 | → | ヌタウナギ科 | 
| 属 | Myxine | メクラウナギ属 | → | ホソヌタウナギ属 | 
| 種 | M. garmani | メクラウナギ | → | ホソヌタウナギ | 
| M. paucidens | オキナメクラ | → | オキナホソヌタウナギ | 
| M. atami | クロメクラウナギ | → | クロヌタウナギ | 
| 新和名の説明・他 | 綱から科までの名称は既存名を適用.属・種の名称はEptatretusヌタウナギ属よりも体が細いことによる.なお,中坊編(2000)では本科魚類に別属としてParamyxineクロメクラウナギ属が含まれているが,Fernholm (1998)によりMyxineの新参異名とされているので,ここではその見解に従った. | 
| 【Chondrichthyes】 | 
| 綱 | Chondrichthyes | 軟骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Carcharhiniformes | メジロザメ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Pseudotriakidae | オシザメ科 | → | チヒロザメ科 | 
| 属 | Pseudotriakis | オシザメ属 | → | チヒロザメ属 | 
| 種 | P. microdon | オシザメ | → | チヒロザメ | 
| 新和名の説明・他 | 深海性のサメであることから,深い海を表すチヒロ(千尋)を採用. | 
| 【Osteichthyes】 | 
| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Anguilliformes | ウナギ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Synaphobranchidae | ホラアナゴ科 | → | リュウキュウホラアナゴ亜科 | 
| Ilyophinae | メクラアナゴ亜科 | 
| 属 | Dysomma | メクラアナゴ属 | → | アサバホラアナゴ属 | 
| 種 | D. anguillare | メクラアナゴ | → | アサバホラアナゴ | 
| 新和名の説明・他 | 亜科名は本亜科にIlyophisリュウキュウホラアナゴ属を含むことによる.種名はホラアナゴ科魚類としては,比較的生息深度浅いことによる. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Anguilliformes | ウナギ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Cyematidae | セムシウナギ科 | → | ヤバネウナギ科 | 
| 属 | Cyema | ヤバネウナギ属 |  |  | 
| 種 | C. atrum | ヤバネウナギ |  |  | 
| 新和名の説明・他 | 日本産本科魚類はヤバネウナギ1種のみであることから,科名についてもこの名称を採用. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Clupeiformes | ニシン目 |  |  | 
| 科・亜科 | Clupeidae | ニシン科 |  |  | 
| 属 | Spratelloides | キビナゴ属 |  |  | 
| 種 | S. atrofasciatus | バカジャコ | → | リュウキュウキビナゴ | 
| 新和名の説明・他 | 本種は日本では沖縄県のみに分布することから. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Myctophiformes | ハダカイワシ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Myctophidae | ハダカイワシ科 |  |  | 
| 属 | Nannobrachium | トンガリハダカ属 |  |  | 
| 種 | N. sp.1 | テナシハダカ | → | ヒレナシトンガリハダカ | 
| 新和名の説明・他 | 胸びれがないことから. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Ophidiiformes | アシロ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Bythitidae | フサイタチウオ科 |  |  | 
| 属 | Oligopus | セムシイタチウオ属 | → | セダカイタチウオ属 | 
| 種 | O. robustus | セムシイタチウオ | → | セダカイタチウオ | 
| 新和名の説明・他 | 他属に比較して体高が高いことから. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Lophiiformes | アンコウ目 | → | カエルアンコウ亜目 | 
| Antennarioidei | イザリウオ亜目 | 
| 科・亜科 | Antennariidae | イザリウオ科 | → | カエルアンコウ科 | 
| 属 | Antennatus | イザリウオモドキ属 | → | カエルアンコウモドキ属 | 
| 種 | A. tuberosus | イザリウオモドキ | → | カエルアンコウモドキ | 
| A. flagellatus | ムチイザリウオ | → | ムチカエルアンコウ | 
| 新和名の説明・他 | 本亜目魚類の形態がカエルを連想させ,また英名がfrogfishであることから本科の基幹名としてカエルアンコウを採用.「ヒメヒラタイザリウオ」は瀬能・川本(2002)で提唱された.なお,改名案にはイサリウオ(漁る魚の意)も検討されたが,旧名を連想させない名称が適切であるとの意見を重視した. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Lophiiformes | アンコウ目 | → | カエルアンコウ亜目 | 
| Antennarioidei | イザリウオ亜目 | 
| 科・亜科 | Antennariidae | イザリウオ科 | → | カエルアンコウ科 | 
| 属 | Antennarius | イザリウオ属 | → | カエルアンコウ属 | 
| 種 | A. analis | ロケットイザリウオ | → | ロケットカエルアンコウ | 
| A. striatus | イザリウオ | → | カエルアンコウ | 
| A. hispidus | ボンボリイザリウオ | → | ボンボリカエルアンコウ | 
| A. scriptissimus | ソウシイザリウオ | → | ソウシカエルアンコウ | 
| A. commersoni | オオモンイザリウオ | → | オオモンカエルアンコウ | 
| A. maculatus | クマドリイザリウオ | → | クマドリカエルアンコウ | 
| A. pictus | イロイザリウオ | → | イロカエルアンコウ | 
| A. coccineus | ウルマイザリウオ | → | ウルマカエルアンコウ | 
| A. rosaceus | エナガイザリウオ | → | エナガカエルアンコウ | 
| A. nummifer | ベニイザリウオ | → | ベニカエルアンコウ | 
| A. dorehensis | カスリイザリウオ | → | カスリカエルアンコウ | 
| A. randalli | ヒメヒラタイザリウオ | → | ヒメヒラタカエルアンコウ | 
| 新和名の説明・他 | 本亜目魚類の形態がカエルを連想させ,また英名がfrogfishであることから本科の基幹名としてカエルアンコウを採用.「ヒメヒラタイザリウオ」は瀬能・川本(2002)で提唱された.なお,改名案にはイサリウオ(漁る魚の意)も検討されたが,旧名を連想させない名称が適切であるとの意見を重視した. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Lophiiformes | アンコウ目 | → | カエルアンコウ亜目 | 
| Antennarioidei | イザリウオ亜目 | 
| 科・亜科 | Melanocetidae | クロアンコウ科 |  |  | 
| 属 | Melanocetus | クロアンコウ属 |  |  | 
| 種 | M. murrayi | セムシクロアンコウ | → | クロアンコウ | 
| 新和名の説明・他 | 日本産本属魚類は本種のみであることから,属の既存和名を採用. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Scorpaeniformes | カサゴ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Scorpaenidae | フサカサゴ科 |  |  | 
| 属 | Scorpaenopsis | オニカサゴ属 |  |  | 
| 種 | S. diabolus | セムシカサゴ | → | ニライカサゴ | 
| 新和名の説明・他 | 本村ほか(2004)で改名済み. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Scorpaeniformes | カサゴ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Triglidae | ホウボウ科 |  |  | 
| 属 | Chelidonichthys | ホウボウ属 |  |  | 
| 種 | C. ischyrus | セッパリホウボウ | → | ツマリホウボウ | 
| 新和名の説明・他 | 近縁種に比較して前後に短縮した体形をしていることから. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Scorpaeniformes | カサゴ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Psychrolutidae | ウラナイカジカ科 |  |  | 
| 属 | Malacocottus | セッパリカジカ属 | → | コブシカジカ属 | 
| 種 | M. gibber | セッパリカジカ | → | ミナミコブシカジカ | 
| 新和名の説明・他 | 日本産本属2種のうちの他種 M.zonurus コブシカジカの名称を属名に採用.種名は M.zonurusよりも南方に分布することから. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Perciformes | スズキ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Gerreidae | クロサギ科 |  |  | 
| 属 | Gerres | クロサギ属 |  |  | 
| 種 | G. erythrourus | セッパリサギ | → | セダカクロサギ | 
| 新和名の説明・他 | 同属他種に比較して体高が高いことによる. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Perciformes | スズキ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Zoarcidae | ゲンゲ科 |  |  | 
| 属 | Bilabria | ミツクチゲンゲ属 | → | ホソクチゲンゲ属 | 
| 種 | B. ornata | ミツクチゲンゲ | → | ホソクチゲンゲ | 
| 新和名の説明・他 | 近縁なPetroschmidtia アゴゲンゲ属にくらべて吻部が細いことから. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Perciformes | スズキ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Zoarcidae | ゲンゲ科 |  |  | 
| 属 | Lycodapus | アシナシゲンゲ属 | → | オオクチノロゲンゲ属 | 
| 種 | L. microchir | アシナシゲンゲ | → | オオクチノロゲンゲ | 
| 新和名の説明・他 | 近縁属のノロゲンゲ類(Bothrocara シロゲンゲ属)に比べて口が大きいことから. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Perciformes | スズキ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Zoarcidae | ゲンゲ科 |  |  | 
| 属 | Andriashevia | テナシゲンゲ属 | → | ヒレナシゲンゲ属 | 
| 種 | A. aptera | テナシゲンゲ | → | ヒレナシゲンゲ | 
| 新和名の説明・他 | 胸鰭を欠くことから. | 
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| 綱 | Osteichthyes | 硬骨魚綱 |  |  | 
| 目・亜目 | Pleuronectiformes | カレイ目 |  |  | 
| 科・亜科 | Bothidae | ダルマガレイ科 |  |  | 
| 属 | Neolaeops | セムシダルマガレイ属 | → | オオクチヤリガレイ属 | 
| 種 | N. microphthalmus | セムシダルマガレイ | → | オオクチヤリガレイ | 
| 新和名の説明・他 | 近縁属の Laeops ヤリガレイ属や Japonolaeops ヒナダルマガレイ属に比べて口が大きいことから. | 
| 引用文献: | 
|  | Fernholm. B.  1998.  Hagfish systematics.  Pages 33-44 in J. M. Jorgensen, J. P. Lomholt, R. E. Weber and H. Malte eds. The biology of hagfishes. Chapman & Hall, London. | 
|  | 本村浩之・吉野哲夫・高村直人.2004.日本産フサカサゴ科オニカサゴ属魚類(Scorpaenidae: Scorpaenopsis)の分類学的検討.魚類学雑誌,51: 89-115. | 
|  | 中坊徹次編.2000.日本産魚類検索:全種の同定,第2版.東海大学出版会,東京.lvi+1748 pp | 
|  | 瀬能 宏・川本剛志.2002.日本から初記録のヒメヒラタイザリウオ(新称).I.O.P.Diving News, 13: 2-6. |