本会は中学生や高校生の魚類研究を奨励するために，年会で開催される中高生研究発表会において優秀な研究発表を行った生徒・団体に対し，日本魚類学会中高生優秀発表賞として表彰しています．
中高生優秀発表賞選考委員は，以下のメンバーで構成されます．年会担当庶務幹事（委員長），一般会員および学生会員から4名．